Si les hospitalisations se réduisent, comment savoir si la Covid-19 circule toujours ? À Montpellier, des chercheurs analysent les concentrations de virus dans les eaux usées de l’agglomération afin de comprendre si les mesures sanitaires, comme le couvre-feu, sont efficaces contre la propagation.

Les Français expérimentent depuis un an les confinements et couvre-feux à 20 heures puis 18 heures… Peut-on vérifier rapidement l’efficacité de ces mesures sanitaires face à la Covid-19, avant de constater une diminution ou une augmentation de l’afflux de patients dans les hôpitaux ? Le réseau de chercheurs Obépine semble avoir trouvé la solution : depuis mai, il étudie la concentration du virus dans les eaux usées des métropoles françaises afin de déterminer son évolution.

Elles se révèlent une « boule de cristal » plutôt fiable. « Lorsque le virus est en circulation active, on observe une concentration de plus en plus importante de virus dans les eaux usées. Lorsqu’il y a une restriction sanitaire comme un confinement, cette concentration réduit rapidement, » résume Patrick Monfort, chercheur au CNRS qui travaille notamment au sein du laboratoire HydroSciences de l’Université de Montpellier.

On remarque dans nos dernières analyses une présence de plus en plus forte du variant anglais de la Covid-19. Aujourd’hui, ça représente 18 % de la quantité de virus trouvé dans ces eaux. Ce qui correspond aux résultats des tests en ce moment.

Patrick Monfort, directeur de recherches au CNRS

Un indicateur fiable et rapide

Membre de ce réseau Obépine, le laboratoire HydroSciences réalise chaque semaine des prélèvements dans les stations d’épuration l’agglomération montpelliéraine et à La Grande-Motte, Agde, Béziers (Hérault) et au Grau-du-Roi (Gard). Le laboratoire collabore avec la start-up IAGE qui lui fait bénéficier de la technologie de PCR digitale, « très adaptée lorsqu’il faut isoler des gènes bien spécifiques dans une quantité d’eau. »

Pourquoi effectuer des prélèvements dans ces villes côtières ? En raison de la fréquentation touristique des plages lors de l’été 2020, où le virus a beaucoup plus circulé qu’à Montpellier. « Cet été, on a très rapidement remarqué que la concentration de virus de la Covid-19 augmentait dans nos prélèvements d’eau. Pourtant, on n’observait pas d’augmentation des hospitalisations à ce moment-là, » raconte Patrick Monfort. Et ce n’est à la fin de l’été, lorsque les personnes de moins de 40 ans contaminés – ou « pas à risques »- sont rentrées chez elles, que le virus s’est propagé à leur entourage.

Il semble que si un confinement avait été décrété début septembre et la rentrée des classes reportée, on aurait cassé la courbe épidémique. Mais ça, on ne peut le dire que maintenant.

Patrick Monfort, directeur de recherches au CNRS

Sana attendre la comptabilisation des hospitalisations, l’analyse des eaux usées est un moyen plus rapide de mesurer la circulation du virus. Adoubée dès mars 2020 par le Ministère de la Recherche, elle permet de comprendre rapidement si une mesure sanitaire est efficace contre la circulation de la Covid-19. 

« Depuis la généralisation du couvre-feu, la concentration de virus dans les eaux usées a diminué, ce qui amène à croire que c’est une mesure plutôt efficace pour contrer la propagation. Mais nous ne sommes pas revenus au niveau de la fin du premier confinement [le 11 mai 2020, NDLR]. Le niveau reste elevé mais tend à baisser, ce qui veut dire que le virus circule toujours, » souligne le chercheur. Ces connaissances pourraient aussi mener à des réflexions sur nos modes de vie : entretenir une hygiène régulière (notamment des mains), éviter l’organisations des bureaux en open space ou la construction des centres commerciaux entièrement fermés.

Dans les mois prochains, la campagne de vaccination va considérablement réduire les hospitalisations. Mais cela ne voudra pas dire que l’épidémie n’existera plus : la propagation du virus n’en sera que plus discrète. L’analyse des eaux usées va ainsi devenir l’un des principales tours de vigie pour observer la circulation de la Covid-19. « L‘analyse des eaux usées doit devenir un outil d’observation permanent. Sur la Covid-19 comme pour d’autres virus comme la grippe, plaide Patrick Monfort.