SCIENCE – Après la vague abstentionniste, la France va être touchée par une nouvelle vague de Covid-19. Depuis début juin les chiffres de suivi de l’épidémie semblaient repartir à la hausse, portés par le sous-variant d’Omicron, BA.5. Ces derniers jours confirment clairement la reprise épidémique en France, mais également chez nos voisins européens.

Alors même que l’été commence ce mardi 21 juin, on dénombre quelque 45.000 cas testés positifs au coronavirus chaque jour. Si la croissance de l’épidémie continue sur le même chemin (50% d’augmentation par semaine), la barre des 100.000 cas devrait être atteinte au début des vacances scolaires.

Restent deux questions. D’abord, quel sera le pic de cette 7e vague de Covid-19? Et ensuite, quel en sera l’impact sanitaire, alors que l’hôpital en crise se prépare à un été extrêmement tendu?

Hausse des cas et des hospitalisations

Le graphique ci-dessous résume l’évolution des principaux indicateurs permettant de suivre les chiffres du Covid-19 en France. Des cas positifs au taux de positivité en passant par les entrées à l’hôpital, tous sont en hausse, à l’exception des décès et du taux d’occupation des services de réanimation.

La nouveauté depuis lundi 20 juin: le nombre de personnes actuellement hospitalisées en étant positif au Covid-19 est maintenant en hausse sur une semaine. Comme on peut le voir sur le graphique ci-dessous, la croissance des cas positifs est de 50% sur sept jours, soit un doublement de l’épidémie tous les 12 jours.

Pour l’instant, la croissance à l’hôpital est plus faible. Logique: d’abord, il y a toujours un délai entre l’infection et le développement d’une forme grave de la maladie. Ensuite, la vaccination et les infections passées ont amélioré notre protection contre les formes graves.

Il sera également important de scruter la part de personnes positives au Covid-19, mais hospitalisées pour un autre problème. Cela concerne actuellement 43% des hospitalisations, selon Santé publique France.

Enfin, comme on peut le voir sur la carte ci-dessous, si le niveau de croissance du coronavirus n’est pas le même partout, le taux d’incidence (nombre de cas pour 100.000 habitants) est en hausse dans tous les départements métropolitains.

Les variants BA.5 et BA.4 majoritaires

Quant à comprendre à quoi est due cette énième vague, difficile d’avoir des certitudes. Le relâchement des gestes barrière et la fin des dernières restrictions, avec la levée du port du masque dans les transports, ont certainement augmenté le nombre de contacts à risque, et donc facilité la propagation du virus.

Mais il y a surtout d’autres responsables. Il y a d’abord l’émergence de sous-variants d’Omicron. Cet hiver, le tsunami Omicron avait été suivi par une plus petite vague de contaminations, portée principalement par le relâchement des restrictions couplé à la survenue de BA.2, un sous-variant d’Omicron plus contaminant.

Depuis début mai, deux autres sous-variants sont en train de s’imposer en France: BA.4 et BA.5. Détectés tous les deux pour la première fois en Afrique du Sud (où Omicron a également été séquencé en premier), ces deux variants ont un avantage sur les précédentes versions d’Omicron. Selon les dernières données de séquençage disponibles, BA.5 représente 24% des cas et BA.4 3,7%. Tous les deux sont en augmentation, de même qu’un autre sous-variant présent notamment aux États-Unis, BA.2.12.1.

Mais le séquençage prend du temps, et la dernière analyse porte sur les contaminations datant de début juin. Il est possible, via le criblage des tests, de détecter plus rapidement une suspicion d’infection aux sous-variants BA.5 et BA.4, qui ont tous les deux une mutation en commun par rapport à BA.1 et BA.2, les formes d’Omicron dominantes en France.

Selon les dernières données (17 juin), BA.4 et BA.5 représentent plus de 60% des contaminations.

Mais la capacité de ces cousins d’Omicron premier du nom à échapper à l’immunité ou à être plus contagieux ne suffit pas à expliquer cette 7e vague. Pour les épidémiologistes Samuel Alizon et Mircea Sofonea, interrogés par The Conversation, la baisse de notre immunité (au moins face aux formes légères du Covid-19) rentre aussi en jeu.

“BA.4 et BA.5 se propagent à la faveur du vieillissement de notre immunité, et le font plus rapidement que BA.2, car ils bénéficient d’un double avantage de contagiosité et d’échappement immunitaire. BA.4 et BA.5 induisent donc une vague plus tôt que BA.2 ne l’aurait fait”, expliquent-ils.

Si l’on décompose le nombre de cas quotidien en fonction de la progression des variants BA.4 et BA.5, on voit effectivement l’avantage de ces derniers. Mais on remarque également que la décroissance des cas de BA.2 s’est stoppée depuis la fin mai et qu’un plateau se dessine, probablement provoqué par la baisse de notre immunité face à l’infection.

Une hausse chez nos voisins européens

Cette situation n’est pas limitée à la France. Ces derniers jours, l’épidémie de coronavirus a arrêté de baisser chez la plupart de nos voisins européens, voire est repartie à la hausse, comme le montre le graphique ci-dessous.

Reste maintenant à savoir jusqu’où va monter cette 7e vague et où se situera le pic. En Afrique du Sud, où ont été détectés BA.4 et BA.5 pour la première fois, cette vague qui a suivi celle d’Omicron a atteint son maximum en un peu moins d’un mois. Au Portugal, premier pays européen touché par ces sous-variants, cela a pris un peu plus d’un mois.

Mais difficile de faire des projections sur la France. En effet, ces deux pays n’ont pas connu de rebond épidémique lié à BA.2. Or, le génome de BA.4 et BA.5 est plus proche de celui-ci que de BA.1 (la première version d’Omicron). Il est donc possible qu’une personne infectée par BA.2 soit protégée un peu plus longtemps face à ces nouveaux coronavirus qu’une personne simplement vaccinée ou contaminée lors de la première vague d’Omicron.

De plus, l’impact des températures estivales pourrait limiter la propagation du virus, notamment en augmentant les contacts à l’extérieur, moins propice à l’infection qu’une réunion en intérieur. Pour autant, des vagues ont déjà eu lieu pendant l’été depuis deux ans. 

Surtout, l’impact hospitalier qui découlera de cette vague de cas est très difficile à anticiper. Il dépendra à la fois de l’immunité face aux formes graves induites par les vaccins et les infections antérieures, mais également du nombre de personnes contaminées.

Le graphique ci-dessous montre que la vague hospitalière en Afrique du Sud a été limitée par rapport à la précédente, alors qu’au Portugal elle est très similaire. 

Pour autant, le taux de positivité au Portugal a explosé à 50% (un test sur deux positif), alors qu’il n’a pas dépassé les 25% en Afrique du Sud. Un indice qui suggère que la vague d’infections portugaise est bien plus importante que le nombre de cas recensés.

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