SCIENCE – Alors que le pic est attendu, pour le moment, les records pleuvent. Le nombre de cas de Covid-19 continue de grimper, poussés par la percée du variant Omicron, mais dans le même temps, les entrées en réanimation baissent depuis quelques jours. C’est dans ce contexte qu’un nouveau conseil de défense est convoqué par Emmanuel Macron ce jeudi 20 janvier.

Selon les prévisions de l’Institut Pasteur, le pic des cas devrait avoir lieu mi-janvier. Après un plateau de quelques jours, les contaminations sont reparties à la hausse depuis deux jours, mais pour bien comprendre où en est aujourd’hui la France face au Covid-19, il faut regarder les tendances des différents indicateurs.

Le HuffPost vous propose de regarder les derniers chiffres, mais surtout leur évolution en cartes et en courbes. Un point important à bien avoir en tête avant de poursuivre votre lecture: les données sont toujours publiées dans la soirée. Ainsi, les chiffres à jour ce jeudi 20 janvier sont ceux publiés la veille, le mercredi 19.

Il faut également savoir que ce ne sont pas les chiffres du jour, mais ceux à J-1 pour le nombre d’hospitalisations et le nombre de nouveaux cas confirmés. Pour l’incidence et le taux de positivité, ce sont les chiffres du dépistage à J-3 (à la date de réalisation du test) qui sont utilisés.

Les courbes nationales du Covid-19

Mercredi 19 janvier, la Direction générale de la Santé a recensé 436.167 cas positifs. Un deuxième plus haut après le record de la veille, quand 464.769 contaminations avaient été recensées. Si l’on regarde l’évolution moyenne (sur 7 jours, la courbe bleue), on voit que la cinquième vague, gonflée par les contaminations liées au variant Omicron, a repris sa hausse après une petite stagnation, avec 320.069 cas quotidiens en moyenne. C’est pour cela qu’il faut rester prudent sur l’analyse et attendre plusieurs jours de baisse ou de hausse pour valider une tendance.

Les chiffres à J-1 sont pratiques pour suivre au plus près l’évolution de l’épidémie, mais sont susceptibles de varier d’une semaine à l’autre en fonction de la rapidité de remontée des résultats. Pour bien s’assurer des tendances, il est préférable de regarder les données publiées par Santé Publique France, qui montrent le nombre de cas à la date du dépistage, avec un retard de trois jours.

Le premier graphique ci-dessous permet de visualiser la part du variant Omicron et du variant Delta dans les cas positifs. Comme on peut le voir, Omicron s’est imposé, mais Delta n’a pas complètement disparu et continue d’entraîner des dizaines de milliers de cas tous les jours.

Les graphiques ci-dessous permettent de voir l’incidence, ainsi que d’autres indicateurs essentiels pour suivre l’évolution de l’épidémie. On voit par exemple que le pic qui se dessinait s’est effacé, avec une nouvelle hausse, à la fois de l’incidence et des hospitalisations. La bonne nouvelle, c’est que les entrées en réanimation baissent depuis 5 jours, mais les nouvelles hospitalisations continuent de progresser, le pic de la troisième vague étant dépassé. Le taux de positivité, lui, a dépassé les 21% car le nombre de tests diminue.

Signification des différents indicateurs

• Taux d’incidence: c’est le nombre de cas détectés pour 100.000 habitants. Il est très utile, car il donne un état des lieux de l’épidémie en quasi-temps réel (quelques jours de décalage pour l’apparition des symptômes, voire avant leur apparition pour les cas contacts). Mais il est dépendant des capacités de dépistage.
• Taux de positivité: c’est le nombre de tests positifs par rapport aux tests totaux effectués. Il permet de “contrôler” le taux d’incidence. S’il y a beaucoup de cas dans un territoire (taux d’incidence), mais que cela est uniquement dû à un dépistage très développé, le taux de positivité sera faible. À l’inverse, s’il augmente, cela veut dire qu’une part plus importante des gens testés sont positifs, mais surtout que les personnes contaminées qui ne sont pas testées, qui passent entre les mailles du filet, sont potentiellement plus nombreuses.
• Taux d’occupation des lits de réanimation par des patients Covid-19: C’est un chiffre scruté, car il permet de savoir si les hôpitaux sont capables de gérer l’afflux de patients. Il est très utile, car il y a peu de risque de biais: il ne dépend pas du dépistage et les occupations de lits sont bien remontées aux autorités. Son désavantage: il y a un délai important entre la contamination et le passage en réanimation, d’environ deux à trois semaines. 
• Entrées en réanimation et nouvelles hospitalisations: moyenne lissée sur 7 jours des personnes entrant à l’hôpital
• Décès à l’hôpital: Comme les réanimations, c’est un indicateur plutôt fiable, mais avec un délai important.
• R effectif: cet indicateur représente le “taux de reproduction du virus” réel, c’est-à-dire le nombre de personnes infectées par un cas contagieux. Il est calculé par des épidémiologistes et a lui aussi un délai important.

Tous les indicateurs ne sont pas au clair, et il faudra attendre plusieurs jours pour vérifier que le pic des cas espéré par l’Institut Pasteur se produit bien. Surtout, il faudra vérifier la vitesse de décroissance des cas, puis, espérons-le, des indicateurs hospitaliers. Pour cela, il est intéressant de regarder l’évolution sur une semaine, en pourcentage, de ces chiffres:

Ici, on voit aussi une tendance: si, sur une semaine, les indicateurs sont encore à la hausse (les barres grimpent vers le haut), la croissance perd de la vitesse pour l’incidence. L’augmentation de l’incidence sur une semaine n’est plus que de 8% contre 130% début janvier. De même, les réanimations ont baissé pour la première sur une semaine.

A l’inverse, les nouvelles hospitalisations sont toujours sur une dynamique similaire, autour de 15% de hausse sur 7 jours. De même, le taux de positivité augmente, ce qui peut faire craindre que la diminution de la hausse de l’incidence soit due à un dépistage plus faible.

Ce n’est qu’une fois les barres violettes vers le bas que nous pourrons dire que le pic de cette 5e (ou 6e) vague sera véritablement atteint (à condition que cette baisse dure).

Le variant Omicron change la forme de la vague

Alors que l’incidence et la positivité ont explosé, pourquoi les indicateurs hospitaliers ne sont-ils pas dans le rouge vif? Encore une fois, car le variant Omicron change la donne, avec sa sévérité moindre. Difficile de savoir à quel point cette baisse de virulence est liée à ses mutations ou au fait qu’il contamine des personnes vaccinées, et donc fortement protégées contre les formes graves.

Toujours est-il que le décrochage entre cas et hospitalisations ou réanimations est flagrant. Le graphique ci-dessous montre l’évolution du nombre de cas, d’hospitalisations et d’entrées en réanimation en pourcentage par rapport au plus haut atteint lors de la seconde vague de Covid-19, en novembre 2020.

Avant l’arrivée de ce nouveau variant, le plus grand nombre de cas avait été atteint début novembre 2020, pour la deuxième vague. Pour les indicateurs hospitaliers, le pic a eu lieu début avril 2020, au moment de la première vague.

Comme on peut le voir, la différence entre les cas et les hospitalisations ou entrées en réanimations est flagrante avec Omicron. Avant cela, des divergences plus légères sont visibles entre les vagues. Elles sont difficiles à expliquer avec certitudes, mais plusieurs pistes peuvent être évoquées: la sévérité des variants Alpha et Delta, l’évolution de la campagne vaccinale, etc.

La carte et le graphique ci-dessous permettent de se rendre compte de la dominance d’Omicron dans tout le pays. Même si certaines régions sont plus touchées que d’autres, le variant représente plus de 92% des cas positifs dans toutes les régions et jusqu’à 98% en Île-de-France.

Carte du taux d’incidence par départements

Si l’on regarde l’évolution de l’épidémie de manière plus locale, on voit que la tendance est toujours à la hausse dans la plupart des départements, mais que la croissance de l’incidence est de plus en plus faible. Elle est même négative dans certains, notamment en région parisienne (touchée tôt par Omicron), comme on peut le voir sur la carte ci-dessous qui montre l’évolution du taux d’incidence sur une semaine.

Il faut rappeler qu’en France métropolitaine, tous les départements sont à des niveaux inédits d’incidence, avec la barre des 1000 dépassée partout. Le seuil des 3000, si ce n’est des 4000, est même atteint dans de nombreux départements.

Le graphique ci-dessous permet d’analyser plus en détail la situation dans votre département. En s’attardant sur les départements d’Île-de-France, on voit un pic clair se dessiner sur l’incidence comme sur la positivité.

La carte du taux d’occupation en réanimation

Du côté des indicateurs hospitaliers, le taux d’occupation en réanimation est maintenant supérieur à 50% dans toutes les régions. La tension est très nette en Paca et en Corse où il y a plus de patients que de places normalement disponibles. Des transferts de patients ont d’ailleurs déjà eu lieu.

Une vaccination très efficace, mais qui patine

Comment expliquer cette cinquième vague? Difficile à dire tant le coronavirus réussit à déjouer nos pronostics, mais il faut déjà rappeler qu’une hausse était prévisible dès le début de l’automne avec la dominance du variant Delta, bien plus contagieux. Depuis, le variant Omicron est venu jouer les trouble-fêtes.

Une hausse maîtrisée de l’épidémie en plein hiver, avec des mesures limitées (tel le pass sanitaire, le port du masque, l’aération des lieux clos, etc.), n’était possible que grâce à la vaccination. Si le vaccin ne protège pas à 100%, il réduit le risque d’infection et baisse drastiquement le risque de développer une forme grave du Covid-19.

Aujourd’hui, 78% de la population est doublement vaccinée, comme on peut le voir dans le graphique ci-dessous, avec des disparités entre les classes d’âge.

Mais on sait maintenant que l’efficacité du vaccin contre l’infection baisse avec le temps, notamment six mois après la vaccination, et encore plus avec le variant Omicron. La protection contre les formes graves de Covid-19 reste élevée, mais semble tout de même diminuer, notamment chez les personnes âgées.

C’est pour cela que de nombreux pays, dont la France, ont lancé une campagne de rappel. Dans ses prévisions de fin novembre, l’Institut Pasteur estime qu’une dose de rappel, en réduisant encore plus le risque d’hospitalisation des personnes les plus à risque et en diminuant le risque d’être infecté, peut faire baisser le pic des hospitalisations en théorie. Ainsi, un rappel pour les plus de 65 ans diminue la hauteur du pic de 20%, alors qu’un rappel pour l’ensemble des adultes le fait chuter de 44%. 

La fulgurance du variant Omicron rend cette troisième dose encore plus indispensable, environ 48% de la population l’a déjà reçue.

Des vaccins toujours efficaces face au Covid-19

L’efficacité des vaccins et de la troisième dose se voit facilement si l’on analyse le nombre de personnes vaccinées ou non-vaccinées positives, hospitalisées ou en réanimation.

Il faut par contre faire attention: plus de 91% des adultes sont vaccinés. Il est donc logique qu’il y ait beaucoup de personnes vaccinées dans les hôpitaux. Mais si l’on compare à effectif égal (combien d’hospitalisés pour un million de vaccinés, versus combien d’hospitalisés pour un million de non-vaccinés), on voit bien que le vaccin est très efficace.

La preuve avec les graphiques ci-dessous. On y voit également que le rappel augmente encore plus l’efficacité du vaccin

 À voir également sur Le HuffPost: Après Omicron, quels seront les futurs variants?