SCIENCE – Si ce n’est pas le pic tant attendu de la 5e vague, cela y ressemble quand même beaucoup. Mais restons tout de même prudents tant l’épidémie de Covid-19 nous a joué des tours depuis deux ans qu’elle a touché la France.

Ces cinq derniers jours, le nombre de cas recensés baisse (par rapport à la semaine précédente), mais il ne faut pas crier victoire trop vite, car la situation est encore mouvante, d’autant que le petit frère d’Omicron, BA.2, pourrait venir complexifier encore la situation et que les hôpitaux sont loin de pouvoir souffler. 

Pour comprendre, Le HuffPost vous propose de regarder les derniers chiffres, mais surtout leur évolution en cartes et en courbes. Un point important à bien avoir en tête avant de poursuivre votre lecture: les données sont toujours publiées dans la soirée. Ainsi, les chiffres à jour ce lundi 31 janvier sont ceux publiés la veille, dimanche 30.

Il faut également savoir que ce ne sont pas les chiffres du jour, mais ceux à J-1 pour le nombre d’hospitalisations et le nombre de nouveaux cas confirmés. Pour l’incidence et le taux de positivité, ce sont les chiffres du dépistage à J-3 (à la date de réalisation du test) qui sont utilisés.

Les courbes nationales du Covid-19

Dimanche 30 janvier, la Direction générale de la Santé a recensé 249.448 cas positifs. Une baisse par rapport au dernier dimanche, quand 301.614 contaminations avaient été recensées. Si l’on regarde l’évolution moyenne (sur 7 jours, la courbe bleue), on voit que la cinquième vague, gonflée par les contaminations liées au variant Omicron, a atteint un nouveau sommet, et baisse depuis une petite semaine, avec 337.949 cas en moyenne. Il faut pour autant rester prudent, car cette baisse pourrait se transformer en plateau, voire en nouvelle hausse.

Les chiffres à J-1 sont pratiques pour suivre au plus près l’évolution de l’épidémie, mais sont susceptibles de varier d’une semaine à l’autre en fonction de la rapidité de remontée des résultats. Pour bien s’assurer des tendances, il est préférable de regarder les données publiées par Santé Publique France, qui montrent le nombre de cas à la date du dépistage, avec un retard de trois jours.

Le premier graphique ci-dessous permet de visualiser la part du variant Omicron et du variant Delta dans les cas positifs. Comme on peut le voir, Omicron s’est imposé (même si le nombre de cas diminue depuis lundi), mais Delta n’a pas totalement disparu et continue d’entraîner quelques milliers de cas tous les jours.

Les graphiques ci-dessous permettent de voir l’incidence, ainsi que d’autres indicateurs essentiels pour suivre l’évolution de l’épidémie. Si la courbe d’incidence semble s’infléchir, le taux de positivité augmente toujours, probablement renforcé par la généralisation des autotests, transformant en partie les tests PCR ou antigénique comme un dépistage de confirmation.

Les décès à l’hôpital continuent également de grimper tandis que les hospitalisations pourraient avoir atteint un plateau. Quant aux réanimations, la situation est instable et il est difficile de savoir si le plateau de ces derniers jours va continuer ou si une nouvelle hausse va se dessiner. 

Signification des différents indicateurs

• Taux d’incidence: c’est le nombre de cas détectés pour 100.000 habitants. Il est très utile, car il donne un état des lieux de l’épidémie en quasi-temps réel (quelques jours de décalage pour l’apparition des symptômes, voire avant leur apparition pour les cas contacts). Mais il est dépendant des capacités de dépistage.
• Taux de positivité: c’est le nombre de tests positifs par rapport aux tests totaux effectués. Il permet de “contrôler” le taux d’incidence. S’il y a beaucoup de cas dans un territoire (taux d’incidence), mais que cela est uniquement dû à un dépistage très développé, le taux de positivité sera faible. À l’inverse, s’il augmente, cela veut dire qu’une part plus importante des gens testés sont positifs, mais surtout que les personnes contaminées qui ne sont pas testées, qui passent entre les mailles du filet, sont potentiellement plus nombreuses. Pour autant, cette dynamique est rendue difficile à lire depuis la généralisation des autotests, non-comptabilisés.
• Taux d’occupation des lits de réanimation par des patients Covid-19: C’est un chiffre scruté, car il permet de savoir si les hôpitaux sont capables de gérer l’afflux de patients. Il est très utile, car il y a peu de risque de biais: il ne dépend pas du dépistage et les occupations de lits sont bien remontées aux autorités. Son désavantage: il y a un délai important entre la contamination et le passage en réanimation, d’environ deux à trois semaines. 
• Entrées en réanimation et nouvelles hospitalisations: moyenne lissée sur 7 jours des personnes entrant à l’hôpital
• Décès à l’hôpital: Comme les réanimations, c’est un indicateur plutôt fiable, mais avec un délai important.
• R effectif: cet indicateur représente le “taux de reproduction du virus” réel, c’est-à-dire le nombre de personnes infectées par un cas contagieux. Il est calculé par des épidémiologistes et a lui aussi un délai important.

Dans une période si incertaine, il est important de regarder les tendances sur un temps plus long, et notamment la vitesse de croissance ou de décroissance des cas et des indicateurs hospitaliers. Pour cela, il est intéressant de regarder l’évolution sur une semaine, en pourcentage, de ces chiffres:

Ces derniers jours, la vitesse de progression des cas (en violet) ralentit nettement et celle des hospitalisations ralentit doucement. De même, le nombre d’entrées et le taux d’occupation en réanimation continue de baisser pour le moment, preuve que le variant Omicron provoque moins de formes graves.

Ce n’est qu’une fois les barres violettes vers le bas que nous pourrons dire que le pic de cette 5e (ou 6e) vague sera véritablement atteint (à condition que cette baisse dure).

Le variant Omicron change la forme de la vague

Alors que l’incidence et la positivité ont explosé, pourquoi les indicateurs hospitaliers ne sont-ils pas dans le rouge vif? Encore une fois, car le variant Omicron change la donne, avec sa sévérité moindre. Difficile de savoir à quel point cette baisse de virulence est liée à ses mutations ou au fait qu’il contamine des personnes vaccinées, et donc fortement protégées contre les formes graves.

Toujours est-il que le décrochage entre cas et hospitalisations ou réanimations est flagrant. Le graphique ci-dessous montre l’évolution du nombre de cas, d’hospitalisations et d’entrées en réanimation en pourcentage par rapport au plus haut atteint lors de la seconde vague de Covid-19, en novembre 2020.

Avant l’arrivée de ce nouveau variant, le plus grand nombre de cas avait été atteint début novembre 2020, pour la deuxième vague. Pour les indicateurs hospitaliers, le pic a eu lieu début avril 2020, au moment de la première vague.

Comme on peut le voir, la différence entre les cas et les hospitalisations ou entrées en réanimations est flagrante avec Omicron. Avant cela, des divergences plus légères sont visibles entre les vagues. Elles sont difficiles à expliquer avec certitudes, mais plusieurs pistes peuvent être évoquées: la sévérité des variants Alpha et Delta, l’évolution de la campagne vaccinale, etc.

La carte et le graphique ci-dessous permettent de se rendre compte de la dominance d’Omicron dans tout le pays. Même si certaines régions sont plus touchées que d’autres, le variant représente plus de 97% des cas positifs dans toutes les régions, sauf en Corse (91%).

Carte du taux d’incidence par départements

Si l’on regarde l’évolution de l’épidémie de manière plus locale, on voit que la tendance est toujours à la hausse dans la grande majorité des départements (environ 80%) sauf en Île-de-France (touchée tôt par Omicron) où l’incidence continue de chuter, comme on peut le voir sur la carte ci-dessous qui montre l’évolution du taux d’incidence sur une semaine. L’incidence baisse également dans certains départements du sud-est de la France.

Il faut rappeler qu’en France métropolitaine, tous les départements sont à des niveaux inédits d’incidence, avec la barre des 2000 dépassée partout. Le seuil des 5000 est même atteint dans certains départements.

Le graphique ci-dessous permet d’analyser plus en détail la situation dans votre département. En s’attardant sur les départements d’Île-de-France, on voit un pic clair se dessiner sur l’incidence, même si le taux de positivité repart à la hausse, ce qui incite à une certaine prudence (bien qu’encore une fois, le déploiement des autotests provoque des biais sur cet indicateur).

La carte du taux d’occupation en réanimation

Du côté des indicateurs hospitaliers, le taux d’occupation en réanimation est maintenant supérieur à 50% dans toutes les régions. La tension est plus forte en Paca, mais la tendance est à la baisse, la région étant repassée sous la barre des 100%.

Une vaccination très efficace, mais qui patine

Comment expliquer cette cinquième vague? Difficile à dire tant le coronavirus réussit à déjouer nos pronostics, mais il faut déjà rappeler qu’une hausse était prévisible dès le début de l’automne avec la dominance du variant Delta, bien plus contagieux. Depuis, le variant Omicron est venu jouer les trouble-fêtes.

Une hausse maîtrisée de l’épidémie en plein hiver, avec des mesures limitées (tel le pass sanitaire, le port du masque, l’aération des lieux clos, etc.), n’était possible que grâce à la vaccination. Si le vaccin ne protège pas à 100%, il réduit le risque d’infection et baisse drastiquement le risque de développer une forme grave du Covid-19.

Aujourd’hui, 78% de la population est doublement vaccinée, comme on peut le voir dans le graphique ci-dessous, avec des disparités entre les classes d’âge. Les enfants sont par exemple très très très peu vaccinés contrairement aux 70-80 ans qui sont 99% à avoir reçu une dose.

Mais on sait maintenant que l’efficacité du vaccin contre l’infection baisse avec le temps, notamment six mois après la vaccination, et encore plus avec le variant Omicron. La protection contre les formes graves de Covid-19 reste élevée, mais semble tout de même diminuer, notamment chez les personnes âgées.

C’est pour cela que de nombreux pays, dont la France, ont lancé une campagne de rappel. Dans ses prévisions de fin novembre, l’Institut Pasteur estime qu’une dose de rappel, en réduisant encore plus le risque d’hospitalisation des personnes les plus à risque et en diminuant le risque d’être infecté, peut faire baisser le pic des hospitalisations en théorie. Ainsi, un rappel pour les plus de 65 ans diminue la hauteur du pic de 20%, alors qu’un rappel pour l’ensemble des adultes le fait chuter de 44%. 

La fulgurance du variant Omicron rend cette troisième dose encore plus indispensable. La barre des 52% de la population qui l’a reçue est presque atteinte.

Des vaccins toujours efficaces face au Covid-19

L’efficacité des vaccins et de la troisième dose se voit facilement si l’on analyse le nombre de personnes vaccinées ou non-vaccinées positives, hospitalisées ou en réanimation.

Il faut par contre faire attention: plus de 91% des adultes sont vaccinés. Il est donc logique qu’il y ait beaucoup de personnes vaccinées dans les hôpitaux. Mais si l’on compare à effectif égal (combien d’hospitalisés pour un million de vaccinés, versus combien d’hospitalisés pour un million de non-vaccinés), on voit bien que le vaccin est très efficace.

La preuve avec les graphiques ci-dessous. On y voit également que le rappel augmente encore plus l’efficacité du vaccin

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