SCIENCE – “On a fait le pire dans cette vague”, a assuré Oliver Véran, le ministre de la Santé, ce jeudi 3 février sur BFMTV. Le gouvernement se veut optimiste alors que la courbe des contaminations du Covid-19 décline et que le pic des hospitalisations se profile.

L’exécutif va même jusqu’à évoquer la fin du pass vaccinal. “Vu la dynamique épidémique actuelle, il est probable que cette fin soit bien avant le mois de juillet. Sauf s’il y a une mauvaise nouvelle”, espère Olivier Véran. Un retrait possible si et seulement s’“il n’y a pas de nouveaux variants en circulation à ce moment-là”. Pour l’instant, on scrute encore le sous-variant d’Omicron, BA.2, que l’on sait très contagieux.

Autre actualité concernant ce pass, le ministre de la Santé annonce que dorénavant “une infection = une injection”. En d’autres mots, vous conservez le pass vaccinal si “vous avez eu une injection et deux infections, ou deux injections et une infection ou trois injections”. Mais il faudra avoir au minimum une dose de vaccin.

À contre-courant du gouvernement, d’autres voix scientifiques s’élèvent, plus pessimistes: “Nous sommes sur un plateau extrêmement haut (…). Il n’est pas raisonnable de parler de sortie de crise, même si la tension diminue et que tout le monde a envie de l’entendre”, alerte Djillali Annane, chef de réanimation à l’hôpital Raymond Poincaré de Garches dans les colonnes du Monde.

Pour bien comprendre ce qu’il se passe au jour le jour en attendant la fin de la vague, Le HuffPost vous propose de regarder les derniers chiffres du Covid, mais surtout leur évolution en cartes et en courbes. Un point important à bien avoir en tête avant de poursuivre votre lecture: les données sont toujours publiées dans la soirée. Ainsi, les chiffres à jour ce vendredi 4 février sont ceux publiés la veille, jeudi 3 février.

Il faut également savoir que ce ne sont pas les chiffres du jour, mais ceux à J-1 pour le nombre d’hospitalisations et le nombre de nouveaux cas confirmés. Pour l’incidence et le taux de positivité, ce sont les chiffres du dépistage à J-3 (à la date de réalisation du test) qui sont utilisés.

Les courbes nationales du Covid-19

Jeudi 3 février, la Direction générale de la Santé a recensé 274.352 cas positifs. Un chiffre toujours important, mais bien en dessous des 392.168 contaminations enregistrées jeudi dernier.

Si l’on regarde la moyenne sur une semaine (la courbe bleue), on voit que la baisse est là, avec 289.231 cas quotidiens recensés contre plus de 360.000 lundi 24 janvier. Il faut pour autant rester prudent, car cette baisse pourrait se transformer en plateau, voire en nouvelle hausse dans les jours à venir.

Les chiffres à J-1 sont pratiques pour suivre au plus près l’évolution de l’épidémie, mais sont susceptibles de varier d’une semaine à l’autre en fonction de la rapidité de remontée des résultats. Pour bien s’assurer des tendances, il est préférable de regarder les données publiées par Santé Publique France, qui montrent le nombre de cas à la date du dépistage, avec un retard de trois jours.

Le premier graphique ci-dessous permet de visualiser la part du variant Omicron et du variant Delta dans les cas positifs. Comme on peut le voir, Omicron s’est imposé, et si Delta n’a pas complètement disparu, il représente environ 3000 cas quotidiens contre plus de 310.000 pour Omicron.

Les graphiques ci-dessous permettent de voir l’incidence, ainsi que d’autres indicateurs essentiels pour suivre l’évolution de l’épidémie.

Tous les indicateurs sont stables ou à la baisse, du taux d’incidence en passant par les nouvelles hospitalisations, les entrées en réanimation ou encore les décès à l’hôpital. Même le taux de positivité, qui a explosé avec l’utilisation des autotests, semble se stabiliser autour de 34%.

Mais il faut encore une fois rester prudent, car la baisse est encore très faible. Pour les hospitalisations et les entrées en soins critiques, on est même plus proche d’un plateau (il faut se rappeler qu’il y a toujours un décalage entre les cas et les indicateurs hospitaliers). Pour bien se rendre compte de l’évolution récente, voici les mêmes indicateurs, mais en se concentrant sur les deux derniers mois. On s’aperçoit -et c’est une bonne nouvelle- que le R effectif est passé pour la première fois sous la barre de 1, seuil sous lequel l’épidémie régresse.

Signification des différents indicateurs

• Taux d’incidence: c’est le nombre de cas détectés pour 100.000 habitants. Il est très utile, car il donne un état des lieux de l’épidémie en quasi-temps réel (quelques jours de décalage pour l’apparition des symptômes, voire avant leur apparition pour les cas contacts). Mais il est dépendant des capacités de dépistage.
• Taux de positivité: c’est le nombre de tests positifs par rapport aux tests totaux effectués. Il permet de “contrôler” le taux d’incidence. S’il y a beaucoup de cas dans un territoire (taux d’incidence), mais que cela est uniquement dû à un dépistage très développé, le taux de positivité sera faible. À l’inverse, s’il augmente, cela veut dire qu’une part plus importante des gens testés sont positifs, mais surtout que les personnes contaminées qui ne sont pas testées, qui passent entre les mailles du filet, sont potentiellement plus nombreuses. Pour autant, cette dynamique est rendue difficile à lire depuis la généralisation des autotests, non-comptabilisés.
• Taux d’occupation des lits de réanimation par des patients Covid-19: C’est un chiffre scruté, car il permet de savoir si les hôpitaux sont capables de gérer l’afflux de patients. Il est très utile, car il y a peu de risque de biais: il ne dépend pas du dépistage et les occupations de lits sont bien remontées aux autorités. Son désavantage: il y a un délai important entre la contamination et le passage en réanimation, d’environ deux à trois semaines. 
• Entrées en réanimation et nouvelles hospitalisations: moyenne lissée sur 7 jours des personnes entrant à l’hôpital
• Décès à l’hôpital: Comme les réanimations, c’est un indicateur plutôt fiable, mais avec un délai important.
• R effectif: cet indicateur représente le “taux de reproduction du virus” réel, c’est-à-dire le nombre de personnes infectées par un cas contagieux. Il est calculé par des épidémiologistes et a lui aussi un délai important.

Dans une période si incertaine, il est important de regarder les tendances sur un temps plus long, et notamment la vitesse de croissance ou de décroissance des cas et des indicateurs hospitaliers. Pour cela, il est intéressant de regarder l’évolution sur une semaine, en pourcentage, de ces chiffres:

C’est la première fois depuis le début de la cinquième vague que le taux de croissance de l’incidence est négatif. De même, les entrées à l’hôpital ne sont plus en augmentation sur une semaine. Du côté des réanimations, un plateau a remplacé la baisse pour le moment. Mais si le nombre de cas diminue, le nombre de formes graves devrait suivre avec un peu de délai.

Ce n’est qu’une fois toutes les barres vers le bas pendant plusieurs jours que nous pourrons dire que le pic de cette 5e (ou 6e) vague sera véritablement atteint (à condition que cette baisse dure).

Le variant Omicron change la forme de la vague

Alors que l’incidence et la positivité ont explosé, pourquoi les indicateurs hospitaliers ne sont-ils pas dans le rouge vif? Encore une fois, car le variant Omicron change la donne, avec sa sévérité moindre. Difficile de savoir à quel point cette baisse de virulence est liée à ses mutations ou au fait qu’il contamine des personnes vaccinées, et donc fortement protégées contre les formes graves.

Toujours est-il que le décrochage entre cas et hospitalisations ou réanimations est flagrant. Le graphique ci-dessous montre l’évolution du nombre de cas, d’hospitalisations et d’entrées en réanimation en pourcentage par rapport au plus haut atteint lors de la seconde vague de Covid-19, en novembre 2020.

Avant l’arrivée de ce nouveau variant, le plus grand nombre de cas avait été atteint début novembre 2020, pour la deuxième vague. Pour les indicateurs hospitaliers, le pic a eu lieu début avril 2020, au moment de la première vague.

Comme on peut le voir, la différence entre les cas et les hospitalisations ou entrées en réanimations est flagrante avec Omicron. Avant cela, des divergences plus légères sont visibles entre les vagues. Elles sont difficiles à expliquer avec certitudes, mais plusieurs pistes peuvent être évoquées: la sévérité des variants Alpha et Delta, l’évolution de la campagne vaccinale, etc.

La carte et le graphique ci-dessous permettent de se rendre compte de la dominance d’Omicron dans tout le pays. Même si certaines régions sont plus touchées que d’autres, le variant représente plus de 94% des cas positifs dans toutes les régions et frôle les 100% en Bretagne, en Hauts-de-France, en Pays de la Loire, en Nouvelle-Aquitaine, en Bourgogne-Franche-Comté et dans le Grand Est.

Carte du taux d’incidence par départements

Si l’on regarde l’évolution de l’épidémie de manière plus locale, on observe une situation contrastée, mais globalement à la baisse dans environ un département sur deux. Il n’y a que dans le département du Cantal en France métropolitaine que le taux d’incidence augmente de plus de 25% en une semaine.

Il faut rappeler qu’en France métropolitaine, tous les départements sont à des niveaux inédits d’incidence, avec la barre des 2000 qui a été dépassée partout, même si certains départements (comme la Seine-Saint-Denis et le Val-de-Marne) viennent de redescendre sous ce seuil. À l’inverse, l’incidence est toujours supérieure à 4000 dans plusieurs départements.

Le graphique ci-dessous permet d’analyser plus en détail la situation dans votre département (y compris dans les département et région d’outre-mer). Dans de nombreux départements, notamment en Île-de-France où Omicron est apparu plus tôt, l’incidence baisse fortement, suivi plus récemment du taux de positivité.

La carte du taux d’occupation en réanimation

Du côté des indicateurs hospitaliers, le taux d’occupation en réanimation est maintenant supérieur à 50% dans toutes les régions. La tension est plus forte en Paca, mais la tendance est à la baisse, la région étant repassée sous la barre des 100%.

Une vaccination très efficace, mais qui patine

Comment expliquer cette cinquième vague? Difficile à dire tant le coronavirus réussit à déjouer nos pronostics, mais il faut déjà rappeler qu’une hausse était prévisible dès le début de l’automne avec la dominance du variant Delta, bien plus contagieux. Depuis, le variant Omicron est venu jouer les trouble-fêtes.

Une hausse maîtrisée de l’épidémie en plein hiver, avec des mesures limitées (tel le pass sanitaire, le port du masque, l’aération des lieux clos, etc.), n’était possible que grâce à la vaccination. Si le vaccin ne protège pas à 100%, il réduit le risque d’infection et baisse drastiquement le risque de développer une forme grave du Covid-19.

Aujourd’hui, 78% de la population est doublement vaccinée, comme on peut le voir dans le graphique ci-dessous, avec des disparités entre les classes d’âge. Les enfants sont par exemple très très très peu vaccinés contrairement aux 70-80 ans qui sont 99% à avoir reçu une dose.

Mais on sait maintenant que l’efficacité du vaccin contre l’infection baisse avec le temps, notamment six mois après la vaccination, et encore plus avec le variant Omicron. La protection contre les formes graves de Covid-19 reste élevée, mais semble tout de même diminuer, notamment chez les personnes âgées.

C’est pour cela que de nombreux pays, dont la France, ont lancé une campagne de rappel. Dans ses prévisions de fin novembre, l’Institut Pasteur estime qu’une dose de rappel, en réduisant encore plus le risque d’hospitalisation des personnes les plus à risque et en diminuant le risque d’être infecté, peut faire baisser le pic des hospitalisations en théorie. Ainsi, un rappel pour les plus de 65 ans diminue la hauteur du pic de 20%, alors qu’un rappel pour l’ensemble des adultes le fait chuter de 44%. 

La fulgurance du variant Omicron rend cette troisième dose encore plus indispensable. La barre des 53% de la population qui l’a reçue est atteinte.

Des vaccins toujours efficaces face au Covid-19

L’efficacité des vaccins et de la troisième dose se voit facilement si l’on analyse le nombre de personnes vaccinées ou non-vaccinées positives, hospitalisées ou en réanimation.

Il faut par contre faire attention: plus de 91% des adultes sont vaccinés. Il est donc logique qu’il y ait beaucoup de personnes vaccinées dans les hôpitaux. Mais si l’on compare à effectif égal (combien d’hospitalisés pour un million de vaccinés, versus combien d’hospitalisés pour un million de non-vaccinés), on voit bien que le vaccin est très efficace.

La preuve avec les graphiques ci-dessous. On y voit également que le rappel augmente encore plus l’efficacité du vaccin.

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